在以前的分类学中，大家普遍认为石斑鱼类是石斑鱼亚科的统称，然而随着分子技术的发展，越来越多的证据显示石斑鱼其实应该被提升至科的地位。下面我们来详细阐述一下石斑鱼分类地位的变化：
在1993年，国际粮农组织（FAO）出版的 FAO SPECIES CATALOGUE VOL.16. GROUPERSOF THE WORLD中，石斑鱼被列为鲈形目（Perciformes）鲈亚目（Percoidei）鮨科（Serranidae）的石斑鱼亚科（Epinephelinae），其中包含15个属，分别是烟鲈属（Aethaloperca），鸳鸯鮨属（Alphestes），光颚鲈属（Anyperodon），九棘鲈属（Cephalopholis），驼背鲈属（Cromileptes），鳞鮨属（Dermatolepis），石斑鱼属（Epinephelus），角纹鮨属（Gonioplectrus），纤齿鲈属（Gracila），喙鲈属（Mycteroperca），副花鮨属（Paranthias），鳃棘鲈属（Plectropomus），贫鲈属（Saloptia），鸢鲙属（Triso）和侧牙鲈属（Variola）。
这个分类标准已经沿用了几十年并且受到普遍认可。然而在2011年出版的Groupers of theWord中，不但将石斑鱼从“亚科”提升至“科”的地位，还恢复了其中一个曾经被取消的属——下美鮨属（Hyporthodus）的分类地位。这个属曾经是个有效属，然而因为其中的种类与石斑鱼属（Epinephelus）中种类形态相似，后来归为了石斑鱼属中。那么现在为什么又要恢复其分类地位呢？
从形态学方面来讲，有4个主要的证据：1.下美鮨属（Hyporthodus）的体高较石斑鱼属（Epinephelus）更高，其幼体更是接近椭圆盘状。2.下美鮨属（Hyporthodus）的种类体色多为深棕色或橄榄色，而石斑鱼属（Epinephelus）的颜色则丰富多变。3.下美鮨属（Hyporthodus）的腹鳍在胸鳍的正下方或者前方，而石斑鱼属（Epinephelus）的腹鳍一般在胸鳍的后方。4.下美鮨属（Hyporthodus）的匙骨和喙状骨之前的关节呈长三角形。
从分子角度来看，石斑鱼科的进化树显示，下美鮨属（Hyporthodus）的种类（篮框）呈一单系起源的分支，并且与石斑鱼属（Epinephelus）之间还有喙鲈属（Mycteroperca）相隔。因此，结合形态与分子的研究结果，确实应当恢复美鮨属（Hyporthodus）的分类地位。
说完了恢复美鮨属（Hyporthodus）的原因，下面要说一说为什么将石斑鱼从“石斑鱼亚科（Epinephelinae）”提升为“石斑鱼科（Epinephelidae）”。鲈形目下的鮨科（Serranidae）种类繁多，共有约70个属，有海水种类也有淡水种类，分类一直比较混乱。Craig等（2007）基于线粒体基因12S，tRNA-Val和16S，以及核基因Histone3和28S构建的系统进化树显示石斑鱼类是鮨科（Serranidae）的姐妹分支，应当是与其并列，而非从属的一个分类地位。
而我们实验室基于线粒体的12个蛋白编码基因构建的鲈亚目系统进化树也显示出相同结果。因此我们认为从分子方面来说，石斑鱼确实应当被提升至与鮨科（Serranidae）同等的分类地位，即石斑鱼科（Epinephelidae）。
近一两年，“石斑鱼科（Epinephelidae）”和“下美鮨属（Hyporthodus）”的分类地位已逐步受到国际认可。所以，现在不应该在称呼石斑鱼为“石斑鱼亚科”，应当改口称“石斑鱼科”。
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